1619 verbündete sich der bayerische Herzog mit Kaiser Ferdinand II. gegen die protestantischen böhmischen Stände und den von ihnen gewählten Gegenkönig, den Pfälzer Kurfürsten Friedrich V. In der Schlacht am Weißen Berge bei Prag besiegten die Truppen der Liga unter Führung des bayerischen Feldherrn Tilly 1620 die Protestanten. Anschließend ließ Tilly die Pfalz besetzen. Als Dank erhielt Maximilian I. 1623 die Pfälzer Kurwürde und 1628 die von ihm besetzte Oberpfalz als Kriegsentschädigung. Im weiteren Verlauf des Dreißigjährigen Kriegs wurde Bayern jedoch 1632/34 und 1648 von feindlichen Truppen besetzt und verwüstet. Ostschwaben verlor seine bisherige politische Bedeutung durch die Zerstörungen fast völlig.
Im Westfälischen Frieden von 1648 wurden die Kurfürstenwürde und die Gebietsgewinne Bayerns bestätigt.
Bayern als „absolutistischer“ Staat
Karte von Bayern 1688
Nach dem Dreißigjährigen Krieg entwickelte sich das Kurfürstentum Bayern ebenso wie andere europäische Länder zum „absolutistischen“ Staat. 1669 wurde zum letzten Mal der ständische Landtag einberufen. Der Münchner Hof Kurfürst Ferdinand Marias konnte sich an Prunk mit anderen europäischen Höfen durchaus messen. Versuchen, Manufakturen nach dem Vorbild Frankreichs aufzubauen, war kein Erfolg beschieden. Dennoch hielt sich die Verschuldung des Staates in Grenzen, Ferdinand Maria widerstand dem französischen Drängen und verzichtete auf die Kandidatur für die Kaiserkrone, um den Frieden zu erhalten.